ハリーは、意地悪な叔母のマージを風船のように膨らませ、空のかなたへ追いやってしまう。叔父と叔母からのお仕置きを恐れたハリーはその夜、3年目のホグワーツに戻る為、“夜の騎士（ナイト）バス”に乗り込みダイアゴン横丁にたどり着くのであった。そこで、魔界の要注意人物シリウス・ブラックの存在を知る。彼はアズカバン監獄から脱走し、ハリーの命を狙っているという…。3年目に入ったホグワーツでの生活は、魔法界の鳥獣“バックビーク”との出会いや、新しい魔術“守護霊の呪文”、時間の戻し方の習得など、新しい冒険に満ち溢れていた。一方、ホグワーツの上空ではアズカバンの看守“吸魂鬼ディメンター”の一団が脱獄囚ブラックを警戒して飛びまわっていた。不気味な看守に恐れおののくハリー。さらに「名前を呼んではいけないあの人」の支持者が城内を這いずり回っていることを知る。ハリーは仲間と共に勇気と魔術で数々の謎を解き明かし、ブラックと自分との接点を突き止めようとするのだが……。（DVDパッケージより引用）